권리금 있는 상가의 계약은 권리금은 현임차인과 임대차는 집주인과 해야하는 관계라 조심하셔야 합니다.
1. 순서가 먼저 현임차인과 권리양도계약을 하게 되는데요.
 이때 권리양도계약 후, 집주인과 계약이 불가능하거나 허가 양도양수에 문제가 있을 경우 계약을 해지 할 수 있다는 특약을 적어놓으셔야 나중에 문제가 발생해도 바로 해결됩니다.

2. 그리고 집주인과 날짜를 잡아 임대차계약을 진행합니다.

3. 임대차계약이 완료되면, 구청에서 허가 양도양수를 하고, 이상이 없으면 그때 권리금에 대한 잔금과 공과금, 월세등을 다 마무리하고 키를 넘겨받으시는게 순서입니다.

 집주인은 권리금에 대해 인정도 안할 뿐더러 책임이 없기때문에 세입자끼리 권리금을 주고받고 계약했다해도 임대차계약과는 별개라 집주인이 계약을 거부할 수도 있습니다. 집주인이 어떤 이유로 계약을 안해주는지는 내용이 없는데, 질문자님이 이미 돈까지 지불하고 먼저 운영하고 있는 상태라 사실 집주인은 전혀 아쉬울것 없고, 계약을 조건으로 월세를 올리거나 어떨경우는 더 심한 요구사항을 말할 수도 있습니다.
-.이같은 사실을 전 임차인과 부동산에 알리고 집주인이 계약을 안해주면 해지할 것임을 알리고 적극 계약에 협조하도록 하세요.

-.질문자님도 집주인과 좋은방향으로 대화와 타협을 통해 노력해보세요.

 -.해지할 경우 당연히 권리금은 돌려받으셔야합니다. (이때 권리금 받은 분이 다른곳을 인수했다던가 해서 받은 돈을 써버렸다면 복잡해 질 것 같습니다)